### R code from vignette source 'kst.Rnw'

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### code chunk number 1: kst.Rnw:60-62
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options(width = 80)
library("kst")


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### code chunk number 2: kstructure
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# An endorelation representing a surmise relation
kst <- endorelation(graph=set(tuple(1,1), tuple(2,2), tuple(3,3),
  tuple(4,4), tuple(2,1), tuple(3,1), tuple(4,1), tuple(3,2), tuple(4,2)))
kstructure(kst)
# A set of sets representing knowledge states (e.g., clauses of a surmise system)
kst <- kstructure(set(set("a"), set("a","b"), set("a","c"), set("d","e"), 
   set("a","b","d","e"), set("a","c","d","e"), set("a","b","c","d","e")))
kst


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### code chunk number 3: set_options
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old_quote_option <- sets_options("quote")
sets_options("quote",FALSE)
kst
sets_options("quote", old_quote_option)


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### code chunk number 4: kdomain
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kdomain(kst)


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### code chunk number 5: knotions
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knotions(kst)


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### code chunk number 6: katoms
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katoms(kst, items=set("a","b","c"))


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### code chunk number 7: ktrace
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ktrace(kst, items=set("c","d","e"))


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### code chunk number 8: kneighbourhood
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knneighbourhood(kst, state=set("a", "b"), distance=2)
kneighbourhood(kst, state=set("a", "b"))


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### code chunk number 9: kfringe
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kfringe(kst, state=set("a", "b"))


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### code chunk number 10: kstructure_is_wellgraded
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kstructure_is_wellgraded(kst)


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### code chunk number 11: kassess
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rp <- data.frame(a=c(1,1,0,1,1,1,1,0,0,0),b=c(0,1,0,1,0,1,0,1,0,0),
   c=c(0,0,0,0,1,1,1,0,1,0),d=c(0,0,1,1,1,1,0,0,0,1), e=c(0,0,1,1,1,1,0,0,0,0))
kassess(kst, rpatterns=rp)


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### code chunk number 12: kvalidate
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kvalidate(kst, rpatterns=rp, method="gamma")
kvalidate(kst, rpatterns=rp, method="percent")
kvalidate(kst, rpatterns=rp, method="VC")
kvalidate(kst, rpatterns=rp, method="DA")


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### code chunk number 13: closure
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closure(kst, operation="union")


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### code chunk number 14: reduction
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reduction(kst, operation="discrimination")


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### code chunk number 15: kfamset
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# An endorelation representing a surmise relation
# A set of sets representing knowledge states (e.g., clauses of a surmise system)
kfs <- kfamset(set(set("a"), set("a","b"), set("a","c"), set("d","e"), 
   set("a","b","d","e"), set("a","c","d","e"), set("a","b","c","d","e")))
kfs


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### code chunk number 16: plotfamset
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if(requireNamespace("Rgraphviz")) {Rgraphviz::plot(kfs)}


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### code chunk number 17: kst.Rnw:312-313
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if(requireNamespace("Rgraphviz")) {Rgraphviz::plot(kfs)}


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### code chunk number 18: kspace
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ksp <- kspace(kst)
ksp


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### code chunk number 19: kstructure_is_space
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kstructure_is_kspace(ksp)


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### code chunk number 20: kbase
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kbase(ksp)


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### code chunk number 21: printudgly
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fs <- kfamset(set(set("a"), set("a","b"), set("a","c"), set("d","e"), 
                  set("a","b","d","e"), set("a","c","d","e"), set("a","b","c","d","e"),
                  set("a", "b", "c", "d", "e", "f")))
print(fs)


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### code chunk number 22: printpretty
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old_quote_option <- sets_options("quote")
sets_options("quote", FALSE)
print(fs, limit=7)
sets_options("quote", old_quote_option)


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### code chunk number 23: plot
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if(requireNamespace("Rgraphviz")) {plot(kst)}


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### code chunk number 24: kst.Rnw:393-394
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if(requireNamespace("Rgraphviz")) {plot(kst)}


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### code chunk number 25: asrelation
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plot(as.relation(kst))


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### code chunk number 26: lpath
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lp <- lpath(ksp)
lp


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### code chunk number 27: lpath_is_gradation
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lpath_is_gradation(lp)


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### code chunk number 28: as.famset
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m <- matrix(c(1, 0, 0, 1, 1, 0), nrow = 2, ncol = 3)
class(m) <- unique(c("kmfamset", class(m)))
m
as.famset(m)
as.famset(m, as.letters = FALSE)


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### code chunk number 29: as.matrix
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as.binaryMatrix(ksp)